Per bé que el Palau, guardat pels animals heràldics (lleons, grifons, sfinx), sigui tot ell sagrat, hi havia a la ciutadella diverses sales, sovint disposades en enfilada, reservades al culte. Les divinitats hi són representades pintades sobre el gix sec, o sota la forma de petits ídols d’argila. Les ofrenes estaven dispositades sobre banquetes i els líquids vessats en fosses. Els textos es escriptura lineal B ens dónen aconeixer el nom de diversos olímpics, Zeus, Hera i els seus fills. Un clergat nombrós, que disposava de grans dominis, servia el culte. Nois i noies anomenats esclaus o oblats es consagraven al servei diví. Els sacrificis humans, en cas de danys extrems, no semblaven estar exclosos.